Program studi di STPDN yang semula berupa Diploma III sejak Tahun Akademik 1995/1996 ditingkatkan menjadi Program Diploma IV. Berdasarkan persetujuan Ditjen Perguruan Tinggi Nomor 1910/D/T/96 Tahun 1995 tentang Persetujuan Program D-IV STPDN dan KEPMENDAGRI No. 89 Tahun 1996 tentang Kurikulum Pendidikan D IV STPDN, dilaksanakan Program Kurikulum D-IV dengan Bidang Studi Pemerintahan. Lulusannya mendapat sebutan sebagai Sarjana Sains Terapan Pemerintahan (S.STP) dengan Pangkat Penata Muda Golongan III/a.
Seiring dengan tuntutan kebutuhan sumber daya manusia berkualitas di lingkungan Departemen Dalam Negeri dan Pemerintah Daerah, STPDN segera merespons dengan membuka Program Pengembangan Pendidikan Magister (S2). Pendidikan Program Magister Administrasi Pemerintahan Daerah (MAPD) didasarkan atas surat izin Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional No. 3765/D/T/2000 Tanggal 20 Oktober 2000 dan Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor 429-373 Tahun 2001 Tanggal 18 September 2001 tentang Penyelenggaraan Program Pascasarjana di lingkungan DEPDAGRI. Pengembangan Program Magister Administrasi Pemerintahan Daerah sejalan dengan statuta dan RIP STPDN serta didukung dengan rencana strategis, arah kebijakan, tujuan dan sasaran organisasi.