ประชากรส่วนใหญ่ในประเทศติมอร์-เลสเตนับถือศาสนาคริสต์ โดยแยกเป็นสองนิกายหลัก คือ นิกายโรมันคาทอลิก มีศาสนิกกว่าร้อยละ 96 ส่วนนิกายโปรเตสแตนต์นั้นมีร้อยละ 2.2 มีส่วนน้อยนับถือศาสนาอิสลามซึ่งส่วนใหญ่เป็นแบบซุนนี นอกนั้นนับถือศาสนาพุทธ ศาสนาพราหมณ์-ฮินดู และอื่น ๆ